Los primeros restos conocidos de presencia humana, son los dólmenes y cromlechs situados en el paraje de Agina.

Las primeras referencias a Lesaka aparecen en la carta puebla que Alfonso VIII de Castilla concedió a Hondarribia en 1.203, aunque los dos primeros registros de cuentas de 1.266 y 1.280 no recogen ningún tipo de contribución procedente de esta localidad. Por ello, parece que el núcleo urbano surge en la primera mitad del siglo XIV.

En 1.402 el rey Carlos III amplió los privilegios concedidos por su padre a los lesakarras en agradecimiento al importante papel que desempeñó Lesaka en la defensa de la frontera frente a Guipúzcoa, cuando los bandidos de esas tierras irrumpían en el reino en busca de botín. Gracias a ellos los concejos podían elegir alcaldes y almirantes por cuatro años como máximo, los vecinos no estaban obligados a contribuir a las obras de fortalezas y podían aprobar ordenanzas.

Un ataque y el consecuente incendio, en 1.411, provocaron la destrucción de 88 casas. En 1.444 las tropas castellanas volvieron a destruir la Villa, por lo que el rey Juan II le concedió una exención
tributaria durante 30 años. 

El año 1.499 los reyes Juan de Labrit y Catalina autorizaron a celebrar un mercado quincenalmente y dos ferias anuales de quince días cada una. Esto, junto con el establecimiento de ferrerías contribuyó al desarrollo económico de la localidad.

En esa época se produjo un gran incremento de la población. Si en 1.486 Lesaka tenía unos 500 habitantes, para 1553 contaba ya con 264 familias, que el año 1.646 aumentaron a 293. En 1.786 había ya 2.035 habitantes en la Villa.

La industrialización, con el establecimiento a partir del año 1.958 de la empresa Laminaciones de Lesaca, produce una profunda transformación de las características de la localidad.